Virgem da Lapa foi fundada em 27 de dezembro de 1948, em decorrência da emancipação político-administrativa do arraial de São Domingos do Arassuahy.

Topônimo
O nome da cidade é uma referência a Nossa Senhora da Lapa, cuja imagem atribui-se ter sido encontrada por garimpeiros da região. O topônimo foi uma sugestão do então presidente da Câmara Municipal, Vicente Paulino Murta (mais conhecido pelo apelido "Seu Doce"), juntamente com outros representantes do recém-criado município.

Geografia
Sua população estimada em 2018 era de 13.764 habitantes.